1645年，大顺军到达湖北通城九宫山麓时，李自成率领20多人登山探路，被当地民兵武装姜大眼杀死，尸体秘密埋葬。李自成战死后，农民军悲愤交集，立即扫荡九宫山区，报复当地人民。
因为闯王死得很匆忙，临终前没有安排身后的事情，东西两路的大顺军瞬间陷入群龙无首的境地。随着大顺军将军刘宗敏在战场上死亡，牛金星叛变，大顺军的形势岌岌可危。李自成一死，农民军树倒下，猴子散了。
此后，明清双方对大顺残党实行怀柔政策，开始收集这些无主的军队。
东路农民军下落:当李自成战死的消息传到东路大顺军时，士兵们立刻变成了无头苍蝇，士气大衰。当时东路军首领田见秀、郝摇旗、王金才、张鼎等人水火不容。每个人都有自己的党羽，每个人都有两三万人。
虽然东路军总人数多达21万，但他们缺乏将军的指挥，将军们彼此不相信。为了逃避清军的围剿，东路将军们达成共识，将所有军队集结到湖南。当时，明朝是长沙的何腾蛟，而清朝是武昌的童阳。
东路顺军撤到河南后，何腾蛟把他们当成一群流寇，匆匆出兵镇压。结果，他们被农民军打败了。幸运逃脱的明军形容何腾蛟:“我们看到了闯贼的旗帜，他们的人遍山遍野，铺天盖地。”
经过这场战争，何腾蛟手中可用的兵力已不足2万，若要与农民军决战，无疑是螳臂当车。何腾蛟非常害怕，谁知此时农民军竟然主动与何腾蛟示好，想与明军联手解决盘踞在湖广地区的清军。同年7月，双方达成共识，缔结盟约，准备联手抗清。但遗憾的是，明朝遗臣始终抱着传统的偏见，何腾蛟对大顺军缺乏信任，始终未能如约为农民军提供军酬和补给。此时，清军已将中原八旗军撤回北方，湖广地区的英王也回北京避暑，此时，只有佟养一支驻扎在湖广地区的清军。
虽然这支军队有3万人，但其中大部分是明朝的降军，只有7000名清军。这时，何腾蛟没有看透这一点，反而让清廷占据了先机。佟养以不剃发为诱饵，骗了湖南大顺军到湖北。
结果，除了王金才和郝摇旗两大顺军仍在抗清活动外，其他将军带走了一半的农民军转移到清廷，10万大顺军成为满清的走狗。到目前为止，东路大顺军已经名存实亡，明清两国在南方的实力对比立即发生了翻天覆地的逆转。
西路农民军的下落：李自成死后，驻扎在陕北和宁夏的大顺军失去了骨干。为了与敌人打交道，他们只能选择南撤。南撤的大顺军是西路军。为了避免被明清消灭，西路军选择前往两湖地区与东路军汇合。谁知道，在前往两湖地区的过程中，西路军迎来了六批清廷使者。
清廷向西路军伸出橄榄枝，希望他们为满清效力。西路军将领李锦和高一功严守底线，坚决不与满人合作。他们拒绝向清廷投降。相反，他们选择与南明联手抗击清朝。虽然西军的兵力不如东军，但也有15万人，仍然是一支战斗力非常可观的队伍。面对西路顺军的有效性，位于福建的南明朝廷争吵不休，两派大臣争论不同。许多迂腐的文臣说：“李贼破北京，罪不可赦。他的同党怎么能封拜？这时，正值国家危亡之际，这些文臣只看到贼兵作乱，丝毫不考虑盘踞在北方的外俘。
幸运的是，隆武帝的目光如火如荼，及时在内忧外患中做出选择，命令西军统帅李锦为兴国侯，并命名李赤心，副将高一功改名为高必正。这支西路顺军在龙武帝的英明神武下，成功地转化为南明忠贞营，保家卫国。既然选择了南明，自然要和满清势不分。1646年初，南明朝廷决定以两种方式收复湖北。何带领明军进攻武昌，另一位明朝大臣封锁胤锡，带领刚刚成立的忠诚营袭击荆州。根据协议，双方在建成城市后前往长江北岸会师。不幸的是，何腾蛟虽然忠于南明，但他带兵打仗的水平却很差。
在行军过程中，他遇到了一群逃兵，听说“满洲大军已到”，何腾蛟立即下令全军撤退。可笑的是，这支“满洲大军”只有2000人，他们没有遇到任何明军的抵抗，顺利接管了军事重地岳州。随着何腾蛟的撤退，忠贞营独木难支，不知情的忠贞营士兵被身后的清军偷袭，伤亡惨重。虽然何腾蛟被俘后坚定不屈，保持着民族气节，但纵观他的一生，成事不足，失事多。洪光时期，他受制于左良玉，无所作为。隆武时期，他和湖北巡抚章旷一起排挤了大顺军的剩余部分，收集了一批散兵游勇作为直系，没有将军的能力，导致刘承胤、曹志建、黄朝宣分离霸道。
甚至连隆武帝的死也承担着不可推卸的责任。反击湖南胜利时，作为全军指挥官，他自私自用，煽动郝永忠偷袭反正来回的陈友龙部，挑起明军自杀，给清军喘息的机会；他还调走了围攻长沙的忠诚营，一手切断了复湘援赣的战略大局，以身作敌。