从历史上看，达赖和班禅是师徒，即在世的达赖/班禅是新班禅/达赖的师傅。就班禅而言:一世班禅是一世达赖的老师；四世班禅是四五世达赖的老师；五世班禅是六七世达赖的老师；六世班禅是八世达赖的老师；七世班禅是九、十、十一世达赖的老师；八世班禅是十三世达赖的老师。就达赖而言，五世达赖是五世班禅之师；七世达赖是六世班禅之师；八世达赖是七世班禅之师；十三世达赖是九世班禅之师。
达赖转世制度始于三世达赖，班禅转世制度始于四世班禅。一世达赖根敦珠巴和一世班禅克珠杰是藏传佛教格鲁派创始人宗喀巴的亲传弟子。作为师兄，克珠杰在宗喀巴去世后还指导了小师弟根敦珠巴的学习。他们三位师徒为黄教在藏区的兴起和发展做出了巨大贡献，被藏民虔诚地称为“师徒三尊”。在辽阔的雪域高原上，民间谚语“天上的太阳、月亮、地上的达赖、班禅”深入人心。
或者问：达赖和班禅哪个大？谁在乎谁？答：他的宗教和政治地位是平等的，没有高低之分。然而，传统的说法是，达赖是观世音菩萨在世界上的化身，班禅是阿弥陀佛（或无限光佛）在世界上的化身。阿弥陀佛是观世音的大师，所以班禅的宗教地位显然更高。
十一世班禅
但据说阿弥陀佛超越懒惰，专心修行，把世界上的一切都交给弟子观世音来照顾，所以徒弟的知名度比师父高。另一方面，达赖和班禅的行为也是如此：班禅很少干涉西藏的政治事务。即使罗桑在历代班禅中最具政治作用，他也放弃了取代当时被禁止转世的达赖担任黄教主的机会。康雍乾时期，蒙古准噶尔部占领西藏，朝廷多次出兵进剿。
平定准部后，鉴于达赖的权力过于激烈，尾巴不会掉下来，清政府故意将西藏分成两部分，交给达赖和班禅，以便相互约束，但被五世班禅婉言拒绝。在清廷的固请下，他最终只答应接受拉孜、昂仁、彭措林三宗作为后藏的领地。自明清以来，达赖一直领导着整体形势，实际上是西藏的主人；班禅远离世界，影响主要在后藏，声誉明显低于前者。达赖的驻锡之地在拉萨布达拉宫，而班禅则偏安一角，下榻日喀则的扎什伦布寺。班禅只控制着达赖领十分之九的人口。
此外，清代黄教四大活佛并立:达赖主前藏、班禅主后藏、张嘉主内蒙、哲布尊丹巴主外蒙。他们各自的政治地位大致相同，转世灵童必须由朝廷金瓶制签署最终裁决。