由于年轻，刘辩继位后的朝政实权掌握在母亲何太后和母叔将军何进手中。少帝在位期间，东汉政权名存实亡。即位后不久，他遇到了以何进为首的外戚集团和以十常侍为首的内廷宦官集团的火灾。元年8月(189年9月)，打算杀宦官的何进在宫中嘉德殿前被张让等“十常侍”杀死。何进的下属袁绍等人见何进被杀，率军闯宫报仇，尽杀宫中宦官2000多人。张让等人见势不妙，于是劫持少帝刘辩、陈留王刘协逃离皇宫。不久，张让、段圭被卢植追兵杀害，其他宦官看到大势已去，也纷纷投河自杀。逃亡期间，刘辩风露宿，缺衣少食，尝尽了人间疾苦，但他的厄运却远不止于此，因为他又遇到了董卓。
奉何进命令进入北京“秦王”的并州牧东卓带领军队前往洛阳。在路上，他听说宫殿发生了变化。刘辩被抢，立即前往迎驾，以获得未来立足朝廷的政治资本。少帝看见董卓突然率军，吓得哭了。董卓上前跟少帝说话，少帝说话语无伦次，而旁边的陈留王则如流回答。董卓非常高兴，觉得陈留王比少帝贤能，于是心中有了废墟少帝、改立陈留王为皇帝的念头。当然，一个九岁的孩子是否聪明并不重要。重要的是要建立力量。作为一个手持重兵的军阀，我们当然知道中国历史上篡改和废除的传统。废除之间可以借此机会铲除朝中的反对势力，同时也为自己夺权篡位铺平了道路，何乐而不为呢？至于少帝刘辩，这只是这场政治游戏中不重要的棋子。当它不使用价值时，它会被扔掉。
董卓入京后，自封为司空，权倾朝野。昭宁元年9月(公元189年9月)，董卓逼何太后下令立刘协为帝，废墟少帝为弘农王，皇太后还政(自5月15日即位至9月28日被废，少帝在位仅130多天)。陈留王刘协遂即位，改元永汉，为汉献帝。在董卓废少立献的第二年正月，董卓也因擅自废立君主、祸国乱政、肆意行为等原因，引发了世界豪杰的起兵讨伐。董卓害怕他们以迎废帝弘农王复位的名义攻击自己，干脆以毒酒鸠杀了弘农王刘辩，才十五岁。初平元年(公元190年)二月，献帝下诏将哥哥洪农王埋在已故中常侍赵忠的墓中，称怀王。赵忠是汉灵帝时期著名的“十常侍”之一。后来，赵忠在宫变中被袁绍杀死，丢弃了尸体。他的坟墓变成了一座空墓，这座空墓成了刘辩的最后归宿。曾经的皇帝只能埋在宦官之墓，少帝刘辩也成了汉朝唯一一位死后被埋在太监墓里的皇帝。